2013年5月31日，李克强总理主持召开国务院常务办公会，研究部署进一步加强婴幼儿奶粉质量安全工作。根据国务院常务办公会要求，国务院办公厅转发食品药品监管总局等部门关于进一步加强婴幼儿配方乳粉质量安全工作意见的通知，强调“婴幼儿配方乳粉的质量安全，既是重大民生问题，也是重大的经济社会问题。提升婴幼儿配方乳粉质量安全水平，保障婴幼儿食用安全、放心的配方乳粉，关系下一代健康成长，关系亿万家庭的幸福和国家民族的未来，对于转变经济发展方式、提高经济增长质量和效益具有重要意义。各地区、各有关部门要认真贯彻落实国务院决策部署，高度重视婴幼儿配方乳粉质量安全工作，将其作为抓好我国食品质量安全工作的突破口，全力以赴打一场提高婴幼儿配方乳粉质量安全水平的攻坚战，重塑消费者对国产乳粉的信心。地方各级政府要切实负起食品安全责任，加强统一领导和组织协调，细化方案，明确责任，认真抓好本地区的婴幼儿配方乳粉质量安全工作。各有关部门要严格履行监管职责，加强相互配合，强化工作指导，扎实推进各项工作。食品药品监管总局要加强统筹协调，组织有关部门加大对各地区工作的检查督导，确保各项工作任务落实到位。”中国婴幼儿奶粉行业的彻底整顿从此开始，其中，最具有标志意义的是：在2014年5月1日前，未通过国家认监委(CNCA)审核备案的的国外婴幼儿奶粉企业不允许再向中国出口婴幼儿奶粉;2014奶奶5月31日以前，国内婴幼儿奶粉企业生产许可证全部重新审核换发，在此之前未通过审核的企业将不能生产。
中国乳制品工业协会宋昆冈预计，最少有三分之一的企业因达不到要求被强制退出婴幼儿乳品市场。
国家食品药品监督管理总局相关负责人曾表示，史上最严格的婴幼儿配方乳粉企业准入制度《婴幼儿配方乳粉生产许可审查细则(2013版)》实施后，国家食药监总局从干湿复合工艺、产品配方和标签管理、发证检验等方面对婴幼儿配方乳粉生产许可审查工作做出严格规定，尤其对企业奶源、原辅料把关、生产设备设施、生产过程控制、产品配方管理、检验检测能力、质量安全追溯提出了严格要求。
2014年1月开始，国内婴幼儿奶粉生产许可证重新审核换证工作陆续展开，伊利、努卡、蒙牛、贝恩美、莲韵等工厂率先获得国家颁发的“婴幼儿配方乳粉生产许可证”，成为首批合格换证的乳企。
