2008年12月底，海峡两岸实现海上船舶运输直航，迄今已近五年，与台湾隔海相望的福建，作为大陆对台主通道作用日益凸显。
福建省发挥对台区位优势，依托“小三通”海上运输平台，率先于2009年9月开辟了“中远之星”从厦门至台中/基隆全程8个小时的滚装客货运输班轮航线，掀开闽台客运直航的历史性一页;2011年12月底，“海峡号”开通平潭至台中高速滚装客货班轮航线，刷新了海上直航台湾本岛的记录，短短2个小时即可横跨台湾海峡。 截至2013年11月底，闽台间海上船舶共运送旅客745万人，占到大陆对台运量的98%，南有厦门港、北有福州港平潭的闽台间海上客滚直航新格局已基本形成。
两岸海上船舶运输直航的实现，大大节约了两岸往来的时间和成本，据测算，海上运输平均每航次可节省22小时，不仅为两岸旅客探亲、观光旅游带来了便利，更极大促进了两岸的经贸往来，为两岸电子、机械、农产品等大宗商品贸易带来了福音。
至2013年11月底，闽台间海上船舶共运送散杂货物5149万吨，集装箱301.3万标箱;其中集装箱运输量占大陆对台运量的1/3，福建作为对台主通道作用日益凸显。
为进一步提升对台运输服务水平，加快闽台快捷运输通道建设，福建交通运输部门积极推动闽台电子口岸互通和信息共享，交通电子口岸厦门分中心建立了和台湾关贸网络的对接，实现闽台两地的航商及港口企业提供航运电子数据自由交换;加强闽台港口分工协作，厦门港务集团与台湾港务公司签订合作备忘录，开展厦台集装箱业务、两岸邮轮运输、投资合作等方面合作。
未来，福建还将在厦门与平潭试点闽台两地机动车辆互通，争取两岸运输往来实现新的突破。
